Någon gång, under stenålderns sista sekler, för ungefär 3 500 år sedan, visade sig de högsta delarna av nuvarande Äpplarö ovan vattenytan. Nu är ön cirka 3 kilometer lång och 500 meter bred och utgörs av typisk mellanskärgårdsnatur. Stora delar av ön täcks idag av Äpplarö naturreservat.

Namnet Äpplarö förekommer för första gången år 1538, i Upplands jordebok, såsom ”Äpplarnö”.
I samma dokument nämns ”Jöns i äpplarnö” som öns enda brukare. Det är dock troligt att det fanns bofast befolkning på ön redan under medeltiden.

Ön består i dag av drygt 40 hushåll. Merparten av öns mark ägs och förvaltas av Äpplarö Naturvårdsförening (ÄNF). Öns hushåll är medlemmar i byalaget (ÄBL) som har till syfte att stå för gemensamma arrangemang och byggnader.